Vremenski zahtevan process pronalaženja novih lekova sada može biti ubrzan sa novim AMBER 11 softverskim alatom koji umogućava bio-naučnicima da iskoriste snagu superračunara na svojim desktop sistemima.
AMBER 11, najnovija verzija jedne od najčešće korišcenih aplikacija biohemičara i drugih profesionalaca uključenih u istraživanje molekularne dinamike je optimizovana za upotrebu na NVIDIA® grafičkim procesorima koji ubrzavaju process do 100 puta u odnosu na tradicionalne CPU bazirane servere. GPU-ovi isporučuju perfomanse na desktop računaru koje su pre toga bile dostupne isključivo upotrebom superračunara i time unapređuju produktivnost tako što naučnici više ne moraju da čekaju u redu za zajednički superračunar ili klaster server na njihovom odeljenju.
“Superračunarski resursi koje mi koristimo su konstantno prezauzeti i primoravaju nas u većini slučajeva na čekanje od nekoliko dana, što rezultuje nepotrebnim gubljenjem vremena prilikom izvršavanja naših projekata”, izjavio je doktor Ross Walker, istraživač u San Diego superračunarkskom centru na Kalifornijskom univerzitetu i značajni AMBER saradnik.
AMBER 11 je dizajniran tako da iskoristi NVIDIA Tesla™ 20 seriju GPU-ova koji koriste izuzetno paralernu CUDA™ arhitekturu za specifične potrebe računarskih aplikacija visokih perfomansi. Na ranim probama u okviru korisničke baze AMBER korisnika doktor Walker je dobio desetine izveštaja o ubrzanju od 30 puta na raznim bio molekularnim simulacijama.
“Sa GPU-ovima sada možemo raditi većinu posla na desktop računarima i to menja sve. Bilo koje istraživačko odeljenje koje želi da investira u računarske resurse koji se koriste za potrebe AMBER softvera treba da počne tako, što će obezbediti svakom istraživaču GPU radnu stanicu”, dodaje Walker.
Dr. Walker navodi da samo jedan Tesla GPU omogućava količinu procesorske snage koliko i klaster od 512 CPU jezgara kada se simulira jedan nanosekund u životnom veku 25.000 atoma implicitnog rastvarača nukleoze. U jednostavnijoj simulaciji eksplocitnog rastvarača kao što je JAC Benchmark, jedan Tesla GPU omogućava ekvivalentnu procesorsku snagu 48 jezgara NSF Ranger superračunara.
“Toliko veliki pomaci u perfomansama omogućavaju nova dostignuća u nauci i naša saradnja sa doktorom Walkerom predstavlja jedan od tih pomaka”, izjavio je Andrew Cresci, generalni menadžer vertikalnog marketinga u NVIDIA kompaniji. “Sa AMBER 11 naučnici mogu da testiraju nove teorije i simuliraju raznovrsne scenarije uz pomoć brzine pristupačnih GPU-ova i lakog pristupa GPU baziranim radnim stanicama.”
Više informacija o AMBER 11 softveru možete saznati na njihovoj prezentaciji. Za više informacija o NVIDIA Tesla Bio Workbench-u, NVIDIA inicijativi omogućavanja biofizičarima i računarskim hemičarima pomeranje granice istraživanja kroz upotrebu GPU-ova, čiji deo je AMBER, posetite sajt.
Prikaži/Sakrij komentare
Prikaži/Sakrij formu za unos
| < Prethodna | Sledeća > |
|---|